肝脓肿是由细菌、溶组织阿米巴等致病微生物感染所引起的肝脏化脓性病变。由于肝胆系统解剖结构的特殊性，导致了微生物寄生、感染的几率偏高。肝脓肿可以分为细菌性肝脓肿、阿米巴性肝脓肿以及真菌性肝脓肿等。传播途径主要有以下几种。 最主要也是最多见的途径就是肝胆系统传播。肝胆系统感染，如肝胆系统结石，寄生虫感染，细菌可以沿着胆道上行引起肝脓肿。
其次是门静脉系统感染途径，腹腔的感染可以导致脓毒性的栓子脱落，沿着门静脉系统进入到肝脏，引起肝脓肿，尤其是在有基础肝脏疾病患者身上发生率更高，比如肝硬化、糖尿病、恶性肿瘤的患者。比较特殊的阿米巴肝脓肿是溶组织内阿米巴通过门静脉系统到达肝脏，引起细胞融化坏死形成脓肿，又称为阿米巴脓肿。
淋巴系统感染途径也可以造成肝脓肿的发生。如胆囊炎、胃十二指肠感染，细菌可以经过淋巴系统侵入到肝脏，造成肝脓肿。